南京火车站南站房站房东西长270米,南北进深53.5米,地下1层,地上3层,站房总建筑面积41000平方米。北站房站房建筑面积1万平方米,地面层布置有东、西公交车站以及站前景观步行广场,地下一层主要布置有城际铁路出站厅、地铁3、9号线站厅、地铁换乘通道、出租车停车场;地下二层为社会车停车场。南广场站前景观广场分为集散主广场区、过渡性引导广场区和湖滨亲水休闲区,总面积近4万平方米,从南京火车站北广场上空俯视,自西往东为地铁3、9号线南京站、北站房以及南京汽车客运站,其中地铁3、9号线与北站房主体平行。北广场部分用地面积约为4.5万平方米。